Ho cambiato la lingua di default in Italiano. Ora tutte le pagine inglesi mostrano nel link il codice "en", ma quelle italiane non mostrano più il codice "it".
Ho verificato passo passo su svariate guide, da quella a cui mi hai indirizzato (che è per Joomla 2.5) a molte altre anche specifiche per Joomla 3.2.
Non riesco a trovare l'errore e sto pensando di fare una bella tabula rasa e reinstallare Joomla 3.2 rifacendo tutto da capo.

più che errore manca qualche impostazione.
Se pensi di reinstallare, usa la versione 3.2.1 che contiene una procedura di installazione multilingua guidata alla fine della procedura di installazione di joomla.

Purtroppo il tuo problema è dato solo dall'inesperienza, e forse praticando la strada dell'installazione guidata potresti risolvere.

Reinstallato Joomla 3.2.1, scegliendo di configurare il multilingua automaticamente in fase di installazione.
Ora tutto funziona
Grazie per il paziente aiuto.